Analizan citogenética de neoplasias hematológicas con mapeo óptico del genoma

Las técnicas citogenéticas estándar de atención actuales para el análisis de neoplasias malignas hematológicas incluyen el cariotipo, la hibridación in situ con fluorescencia y el análisis de microarrays cromosómicos (CMA, por sus siglas en inglés), que requieren mucho trabajo y tiempo y costo prohibitivos, y a menudo no revelan la complejidad genética del tumor, demostrando la necesidad de tecnología alternativa para una mejor caracterización de estos tumores.

El mapeo óptico del genoma (OGM) ha surgido como una tecnología citogenómica, de próxima generación, que puede detectar todas las clases de variaciones estructurales (VE) a una resolución más alta que las técnicas estándar de atención (SOC). Recientemente, la tecnología ha ganado un gran impulso y ha sido evaluada en varios entornos, incluidos entornos prenatales, posnatales, neoplasias hematológicas y tumores sólidos, lo que demuestra una concordancia clínica del 100 % con el análisis citogenético tradicional.

Los científicos médicos del Colegio Médico de Georgia (Augusta, GA, EUA), realizaron un estudio de validación retrospectivo que incluyó 92 análisis (incluyendo réplicas), que representan 69 muestras únicas y bien caracterizadas que se recibieron en su laboratorio clínico para análisis citogenético con cariotipo y/o prueba FISH. Estos estaban compuestos por 59 neoplasias hematológicas que incluían 18 leucemias mieloides agudas (LMA) del adulto, 15 leucemias linfoides crónicas (LLC), 12 síndromes mielodisplásicos (SMD), seis mielomas de células plasmáticas, tres linfomas, tres trastornos mieloproliferativos/neoplasias mieloproliferativas y dos leucemias mieloides crónicas. Además, también se analizaron 10 muestras morfológicamente normales y citogenéticamente negativas para evaluar las tasas de verdaderos negativos/falsos positivos y calcular las métricas de desempeño.

El ADN de ultra alto peso molecular se aisló, marcó y procesó para su análisis en la plataforma Bionano Genomics Saphyr (Bionano Genomics Inc., San Diego, CA, EUA). Se descongeló una alícuota de aspirado de médula ósea congelada (650 μL) y se contaron las células usando un sistema HemoCue (HemoCue Holding AB, Ängelholm, Suecia).  El esqueleto de ADN se coloreó de azul con tinción de ADN y se cuantificó con kits de ensayo de ADN de doble cadena de alta sensibilidad Qubit. El ADN marcado se cargó en celdas de flujo de chips Saphyr para obtener imágenes ópticas. Se tomaron imágenes de las moléculas de ADN marcadas con fluorescencia en el instrumento Saphyr después de que las moléculas de ADN marcadas se linealizaran electroforéticamente en los arrays de nanocanales.

El equipo informó que las 69 muestras pasaron las métricas de control de calidad y las 59 muestras de neoplasias hematológicas lograron un N50 promedio (>150 kb) de 303 kb (±35), tasa de mapeo de 87,5% (±7,5%), densidad de etiqueta de 15,8/100 kb (±1,0) y cobertura media de 391× (±89). En total, se identificaron 86.306 VE en las 59 muestras, con un promedio de aproximadamente 1.462 VE por muestra. La OGM fue concordante en la identificación de 162 de 164 variantes, que se informaron con los métodos SOC actuales. La OGM detectó 59 de 60 aneuploidías, mientras que una pérdida de mosaico del cromosoma Y (en un caso complejo de LLC) no se detectó con la OGM.

De los 45 casos clasificados como simples, 35 tenían al menos una aberración genética reportada clínicamente, mientras que 10 fueron negativos tanto con el cariotipo como con la prueba FISH. En los 35 casos con aberraciones reportadas, la OGM detectó todas las variantes reportadas previamente y corrigió las interpretaciones incorrectas anteriores debido a la baja resolución del cariotipo en dos casos. La translocación, la eliminación intersticial y la duplicación se detectaron consistentemente desde una fracción de alelos del 25 % al ​​5 %.

Los autores concluyeron que su estudio mostró una sensibilidad del 98,7 % y una especificidad del 100 % para detectar VE informadas anteriormente con una combinación de métodos SOC. La mayor utilidad clínica de la OGM en las neoplasias malignas hematológicas fue establecida por múltiples informes donde se informó un 100 % de concordancia con múltiples métodos SOC. El estudio se publicó el 17 de octubre de 2022 en la revista Journal of Molecular Diagnostics.

Enlaces relacionados:
Colegio Médico de Georgia
Bionano Genomics
HemoCue Holding AB

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