Panel amplio de genes diagnostica a los pacientes con enfermedad renal

La enfermedad renal crónica (ERC) es un importante problema de salud pública en los Estados Unidos. La identificación de causas monogénicas de ERC, que están presentes en ~10% de los casos de adultos, puede afectar el pronóstico y el manejo de los pacientes. Para las ~800.000 personas en los EUA con enfermedad renal en etapa terminal (ERET), el diagnóstico genético puede informar la selección de posibles donantes de riñón relacionados, evaluar el riesgo de recurrencia de la enfermedad y guiar el manejo clínico después del trasplante.

Los paneles amplios de genes ofrecen varias ventajas sobre el análisis mutacional de genes individuales o paneles específicos. La variabilidad fenotípica de los trastornos raros y multisistémicos, incluida la interacción impredecible de las variantes causales, complica la selección de objetivos apropiados. Los amplios paneles de genes brindan un análisis integral y económico que puede reducir las barreras para las pruebas mediante la simplificación de los procedimientos de análisis, el reembolso, la estructura del informe y las capacidades de asesoramiento genético.

Un equipo de nefrólogos dirigido por los de la Facultad de Medicina Wake Forest (Winston-Salem, NC, EUA), llevó a cabo un análisis retrospectivo de 1.007 pruebas consecutivas realizadas en pacientes con un gen renal 382 NGS panel (la prueba Renasight, Natera, San Carlos, CA, EUA). La mediana de edad fue de 46 años (rango 5-91), de los cuales, el 52,7 % (531/1.007) eran mujeres. La información sobre el estado de la enfermedad renal de un paciente estaba disponible para el 96,5 % (973/1007) de los casos, de los cuales el 95,0 % (924/973) estaban afectados.

El ADN genómico aislado de las muestras obtenidas (sangre o saliva bucal) se preparó en bibliotecas utilizando un protocolo de enriquecimiento de captura híbrido personalizado dirigido a exones de codificación clave y uniones de empalme basados ​​en la química de la sonda IDT xGen Lockdown (Integrated DNA Technologies, Inc., Coralville, IA, EUA). Luego se realizó la secuenciación de extremos emparejados en bibliotecas de ADN en la plataforma Illumina 2500 HiSeq o NovaSeq 6000 (Illumina, San Diego, CA, EUA), empleando lecturas de 300 pb.

Los científicos informaron variantes patogénicas (P) y probablemente patogénicas (PP). Los hallazgos positivos incluyeron una variante P/PP monoalélica en un gen autosómico dominante o ligado al cromosoma X y variantes P/PP bialélicas en genes autosómicos recesivos. Se identificaron hallazgos genéticos positivos en el 21,1 % (212/1.007) de los casos. Se identificaron un total de 220 resultados positivos en 48 genes. Los resultados positivos ocurrieron con mayor frecuencia en los genes PKD1 (34,1 %), COL4A5 (10,9 %), PKD2 (10,0 %), COL4A4 (6,4 %), COL4A3 (5,9 %) y TTR (4,1 %). Las variantes identificadas en los 42 genes restantes comprendieron el 28,6 % del total de hallazgos positivos, incluidos resultados positivos únicos en 26 genes. Se identificaron resultados positivos en > 1 gen en el 7,5 % (16/212) de los casos.

Los autores concluyeron que los resultados genéticos de las personas analizadas con la prueba Renasight, un amplio panel de genes para la evaluación de la ERC, la nefrolitiasis y las anomalías electrolíticas, revelaron una tasa de hallazgos positivos alta que representan una variedad de diagnósticos genéticos tanto comunes como raros. El estudio reveló casos en los que se identificaron hallazgos positivos en más de un gen. El estudio fue publicado el 24 de marzo de 2022 en la revista American Journal of Nephrology.

Enlaces relacionados:
Facultad de Medicina Wake Forest
Natera
Integrated DNA Technologies, Inc.
Ilumina

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