Desarrollan prueba basada en ARN para la detección del VPH y el diagnóstico del cáncer

Se desarrolló una prueba de diagnóstico, basada en ARN, que puede detectar el virus del papiloma humano (VPH) con un desempeño comparable o mejor que un kit de diagnóstico de referencia basado en el ADN del VPH.

Los virus del papiloma humano son responsables de más del 99% de los cánceres de cuello uterino. Alrededor de una docena de tipos de VPH (incluidos los tipos 16, 18, 31 y 45) se denominan tipos de “alto riesgo” porque la infección persistente se ha relacionado con cánceres como el cáncer de orofaringe, laringe, vulva, vagina, cuello uterino, pene y ano. Todos estos cánceres implican una infección de transmisión sexual del VPH al tejido epitelial estratificado. El VPH tipo 16 es la cepa con mayor probabilidad de causar cáncer y está presente en aproximadamente el 47% de todos los cánceres de cuello uterino, y en muchos cánceres vaginales y vulvares, cánceres de pene, cánceres anales y cánceres de cabeza y cuello.

Se estima que 561.200 casos nuevos de cáncer en todo el mundo (5,2% de todos los cánceres nuevos) fueron atribuibles al VPH en 2002, lo que hace que el VPH sea una de las causas infecciosas más importantes de cáncer. Los cánceres asociados al VPH representan más del 5% del total de casos de cáncer diagnosticados en todo el mundo, y esta incidencia es mayor en los países en desarrollo donde se calcula que causa casi medio millón de casos cada año.

Las pruebas de diagnóstico molecular basadas en la detección de ADN o ARN viral tienen valores predictivos positivos bajos para la identificación de cáncer o de lesiones precancerosas. El triaje con la prueba de Papanicolaou carece de sensibilidad e incluso cuando se combina con la detección molecular del VPH de alto riesgo, da como resultado un número significativo de colposcopias innecesarias.

La colposcopia es un procedimiento de diagnóstico para examinar una vista iluminada y ampliada del cuello uterino, así como de la vagina y la vulva. Muchas lesiones premalignas y malignas en estas áreas tienen características discernibles que pueden ser detectadas mediante el examen. El colposcopista es capaz de distinguir tejido de apariencia normal de anormal y tomar biopsias dirigidas para un examen patológico adicional. El objetivo principal de la colposcopia es prevenir el cáncer de cuello uterino mediante la detección y el tratamiento temprano de las lesiones precancerosas.

Los investigadores del Institut Pasteur (París, Francia) buscaron reemplazar la combinación actual de la citología (frotis de Papanicolaou) y la detección molecular de VPH, por una única prueba molecular para la detección de VPH de alto riesgo o de alto riesgo putativo y el triaje de mujeres en riesgo de transformar la infección, antes de la colposcopia.

Con este fin, desarrollaron la prueba HPV RNA-Seq, un nuevo procedimiento de diagnóstico molecular in vitro para la detección de infección por VPH de alto riesgo y la identificación de pacientes con lesiones intraepiteliales escamosas de alto grado (HSIL), que es una etapa precancerosa de la cérvix. El método RNA-Seq se utiliza para analizar el transcriptoma celular en cambio continuo. Específicamente, la prueba RNA-Seq facilita la capacidad de buscar transcripciones de empalmes de genes alternativos, modificaciones postranscripcionales, fusión de genes, mutaciones/SNP y cambios en la expresión de genes a lo largo del tiempo, o diferencias en la expresión de genes en diferentes grupos o tratamientos. Además de las transcripciones de mARN, RNA-Seq puede analizar diferentes poblaciones de ARN para incluir ARN total y ARN pequeños. El análisis HPV RNA-Seq descrito en el presente estudio se basó en la combinación dual de pruebas PCR de transcripción inversa multiplexada (RT-PCR) y secuenciación de próxima generación (NGS).

Para el estudio actual de prueba de concepto, los investigadores utilizaron la prueba HPV RNA-Seq para analizar muestras de 55 pacientes, 28 con lesiones intraepiteliales escamosas de bajo grado (LSIL) y 27 pacientes con HSIL precancerosas. Los resultados revelaron que la prueba HPV RNA-Seq fue capaz de detectar y determinar el tipo de infección por VPH entre un panel de 16 VPH de alto riesgo con resultados comparables a un kit de diagnóstico molecular de ADN de VPH aprobado oficialmente. Además, el RNA-Seq del VPH detectó dos pacientes más positivos para el VPH que la prueba de ADN y también identificó a más pacientes con múltiples infecciones por VPH. Se descubrió que el RNA-Seq del VPH tenía una sensibilidad del 97,3% y un VPN (valor predictivo negativo) del 93,8%.

“Hemos desarrollado la prueba HPV RNA-Seq, un procedimiento nuevo de diagnóstico molecular in vitro para la detección de infección por VPH de alto riesgo y la identificación de pacientes con lesiones intraepiteliales escamosas de alto grado (HSIL), que es una etapa precancerosa del cáncer de cuello uterino. HPV RNA-Seq es una prueba única que combina las ventajas de los ensayos moleculares (tipificación del VPH) y la citología cervical (fenotipificación celular)”, dijo el autor principal, el Dr. Marc Eloit, líder del grupo en la unidad de biología de la infección en el Instituto Pasteur. “La detección eficaz del cáncer de cuello uterino requiere alta sensibilidad y VPN para la infección por VPH de alto riesgo, ya que las mujeres con una prueba de VPH negativa generalmente se vuelven a realizar la prueba solo después de varios años. Esta observación constituye un argumento sólido a favor de un posible valor médico agregado de la prueba HPV RNA-Seq, en comparación con la citología”.

El estudio de la prueba HPV RNA-Seq se publicó el 12 de agosto de 2019, en la edición digital de la revista The Journal of Molecular Diagnostics.

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Institut Pasteur