Lanzan el primer análisis de NGS basado en hibridación captura para la caracterización y vigilancia del SARS-CoV-2

El lanzamiento del primer ensayo SARS-CoV-2 de secuenciación de próxima generación (NGS) basado en captura hibridación para la caracterización y vigilancia del virus podría proporcionar una nueva herramienta de investigación importante para la secuenciación y vigilancia de la COVID-19.

Twist Bioscience Corporation (San Francisco, CA, EUA) y Biotia, Inc. (Nueva York, NY, EUA) desarrollaron el ensayo SARS-CoV-2 NGS, un ensayo basado en NGS para uso exclusivo en investigación (RUO). El ensayo SARS-CoV-2 NGS RUO es un ensayo basado en captura e hibridación de ácidos nucleicos altamente sensible que se utiliza para la detección, caracterización y monitoreo ambiental del virus SARS-CoV-2. Utiliza la capacidad única de Twist Bioscience para desarrollar rápidamente paneles específicos de virus mediante la síntesis de ADN y el software integral de análisis de datos, además de las capacidades de generación de informes de Biotia.

El ensayo SARS-CoV-2 NGS se validó en un secuenciador NextSeq e identifica todas las secuencias del ácido nucleico del SARS-CoV-2, para permitir la vigilancia de cómo cambia la secuencia genética del virus. Además, el ensayo SARS-CoV-2 NGS informa la secuencia completa del virus, lo que permite una mejor comprensión de las mutaciones, las variaciones genéticas y la evolución del virus a medida que se transmite.

Biotia presentó datos del ensayo en el Congreso Anual de 2020 de la Semana de las Enfermedades Infecciosas (IDWeek). El análisis identifica 124 mutaciones genéticas no descritas anteriormente, incluidas 26 en la proteína Spike funcionalmente importante del SARS-CoV-2. La solución de extremo a extremo se validó en 120 muestras clínicas (60 positivas, 60 negativas) y confirmó que el ensayo SARS-CoV-2 NGS con tecnología del software COVID-DX se podría usar para detectar ARN viral en entornos de investigación de laboratorio. También proporcionó información sobre las variantes genéticas para rastrear la transmisión, identificar el riesgo y predecir el resultado y la respuesta terapéutica.

Por el contrario, la mayoría de las pruebas de SARS-CoV-2 basadas en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) solo identifican marcadores genéticos limitados del virus. Un estudio reciente comparó el desempeño de tres kits de preparación de bibliotecas NGS disponibles comercialmente diferentes, lo que confirma que la captura de hibridación da como resultado una cobertura más uniforme en todas las secuencias de una muestra en comparación con los ensayos NGS basados en PCR.

“Si bien hay muchas pruebas de diagnóstico de alto rendimiento disponibles para COVID-19, nuestra solución proporciona datos de secuencia que permiten a los investigadores la capacidad de secuenciar y vigilar la evolución de mutaciones en el virus a lo largo del tiempo y la geografía”, dijo Emily M. Leproust, Ph.D., directora ejecutiva y cofundadora de Twist Bioscience. “Es importante destacar que, si bien muchos laboratorios llevan a cabo series de secuenciación individuales para cada muestra de paciente, este análisis y el software que lo acompaña proporcionan una forma de agrupar alrededor de 100 muestras de pacientes, ofreciendo información procesable que luego se puede utilizar para informar a la salud pública, particularmente a medida que vemos el aumento de la segunda y tercera ola de COVID”.

“Tenemos la suerte de estar en una posición en la que podemos dedicar nuestro tiempo y recursos para luchar contra esta pandemia global”, agregó Niamh O'Hara, Ph.D., directora ejecutiva y cofundadora de Biotia. “Esta solución nueva y perspicaz para la COVID- 19 es un paso importante para que la vigilancia de enfermedades infecciosas basada en NGS esté más disponible y para avanzar en la investigación y el control de la enfermedad”. “Esta prueba abarca tanto los métodos de diagnóstico como la investigación de vacunas”, señaló Christopher Mason, Ph.D., cofundador de Biotia, “Creemos que esta solución de extremo a extremo también aporta las herramientas necesarias a la lucha contra la COVID-19 como pioneros en estos métodos de captura para rastrear otros patógenos en el futuro”.

Enlace relacionado:
Twist Bioscience Corporation
Biotia, Inc.