Análisis de biopsias tumorales realizadas en neoplasias recientemente diagnosticadas de células B

Los análisis genómicos integrales de biopsias tumorales de pacientes con linfomas difusos de células B grandes/de alto grado de centro germinal (GCB), de reciente diagnóstico (DLBCL/HGBL), han identificado subtipos moleculares que predicen una supervivencia inferior, caracterizados por mutaciones somáticas que se pueden detectar a través del análisis de mutaciones en el laboratorio clínico (CLMA).

Los análisis genómicos integrales han revelado que los tumores de aproximadamente el 50 % de los pacientes con GCB DLBCL/HGBL recién diagnosticados, pueden ser asignados a un subgrupo de alto riesgo (clúster 3, EZB) que se asocia con una supervivencia inferior después de recibir quimioterapia de primera línea (R- CHOP). Además, entre el 10 % y el 25 % de los tumores de pacientes con GCB DLBCL/HGBL, recién diagnosticados, muestran perfiles de expresión génica de bajo riesgo que los asignan a un subgrupo que también se asocia con una supervivencia inferior después de recibir R-CHOP de primera línea.

Científicos clínicos de la Universidad de Pensilvania (Filadelfia, PA, EUA), realizaron CLMA en 59 biopsias de tumores (48 tejidos fijados con formalina e incluidos en parafina, 11 aspirados o biopsias de médula ósea, dos fluidos corporales) obtenidas entre 2015 y 2021, con 58 ensayos exitosos (tasa de éxito del 98 %) y un tiempo medio de respuesta (TAT) de 16 días. Se excluyeron cinco biopsias debido a una solicitud documentada por parte del médico tratante o del patólogo que hizo el diagnóstico con el fin de tomar decisiones médicas y se excluyeron dos biopsias adicionales debido a la falta de seguimiento clínico, lo que resultó en el análisis de 51 biopsias de 51 pacientes, para las cuales se procesó en 32 el Panel de Secuenciación de Linfoma (LSP, Lymphoma 40 Kit, Illumina, San Diego, CA, EUA) y el Panel PennSeq Lymphoma (PSLP) en 19.

Para las 51 biopsias analizadas, hubo un total de 87 mutaciones caracterizadas como 56 de contrasentido, 17 de desplazamiento, 11 sin sentido y tres de sitio de empalme, y 35 biopsias albergaron una mutación de un gen de interés mientras que 32 biopsias mostraron una mutación de un gen de interés con ganancia o pérdida de la función predicha. En total, hubo 74 ocurrencias de mutaciones de genes de interés (contando las mutaciones duplicadas en el mismo gen en la misma biopsia solo una vez), y se predijo que 60 resultarían en ganancia o pérdida de la función del gen. Para CREBBP, 21 mutaciones se caracterizaron como 10 de contrasentido, seis de desplazamiento, cuatro sin sentido y un sitio de empalme con pérdida de función prevista para dar lugar a 15/16 biopsias.

Para TP53, 18 mutaciones se caracterizaron como 16 de contrasentido, una de desplazamiento y una sin sentido y se predijo que la pérdida de función daría como resultado 15/16 biopsias. Para EZH2, 12 mutaciones se caracterizaron como 11 de contrasentido y una de desplazamiento con ganancia de función predicha para dar como resultado 11/12 biopsias. Para TNFRSF14, 11 mutaciones se caracterizaron como dos de contrasentido, cinco de desplazamiento, tres sin sentido, un sitio de empalme y se predijo que la pérdida de función daría como resultado 8/11 biopsias. Para otros genes de interés (GNA13, BCL2, DDX3X, MYC y PTEN), 24 mutaciones se caracterizaron como 17 de contrasentido, cuatro de desplazamiento, dos sin sentido y un sitio de empalme con ganancia o pérdida de función prevista en 11/19 biopsias.

Los autores concluyeron que el CLMA realizado en biopsias tumorales de pacientes con GCB DLBCL/HGBL recientemente diagnosticados, reveló mutaciones frecuentes en CREBBP que se predijo que darían como resultado la pérdida de la función, así como una tasa significativamente más baja de supervivencia libre de enfermedad estimada a los dos años. El estudio se publicó el 17 de noviembre de 2022 en la revista Oncotarget.

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Universidad de Pensilvania
Illumina