Caracterización molecular y citogenética de los síndromes mielodisplásicos en ADN libre de células

Los estudios moleculares y citogenéticos son esenciales en pacientes con síndromes mielodisplásicos (SMD) para el diagnóstico y pronóstico. Se ha informado que el análisis de ADN libre de células (ADNlc) es un enfoque no invasivo confiable para detectar anomalías moleculares en el SMD; sin embargo, existe información limitada sobre alteraciones citogenéticas y el monitoreo en el ADNlc.
 

Imagen: El fluorómetro Qubit 3 es la próxima generación del popular fluorómetro de sobremesa que mide con precisión el ADN, el ARN y las proteínas mediante los ensayos de cuantificación Qubit, basados en fluorescencia de alta sensibilidad (Fotografía cortesía de Thermo Fisher Scientific).

Los síndromes mielodisplásicos (SMD) son trastornos de las células madre hematopoyéticas, caracterizados por displasia y hematopoyesis ineficaz, que son promovidos por alteraciones genómicas adquiridas somáticamente.

Los estudios moleculares y la citogenética convencional son fundamentales en los SMD para establecer un diagnóstico correcto y establecer una estratificación de riesgo precisa. Rutinariamente, estos análisis se realizan en muestras de médula ósea (MO), en particular análisis citogenéticos ya que es difícil obtener metafases a partir de muestras de sangre periférica (SP).

Científicos clínicos del Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques (Barcelona, ​​España) y sus colegas, evaluaron el perfil molecular y citogenético de una cohorte de 70 pacientes con SMD mediante secuenciación de próxima generación (NGS) usando ADNlc y compararon los resultados con pares ADN de la médula ósea (MO).

Se recogieron aspirados de MO y se extrajo el ADN de la MO con el kit MagAttract DNA Blood Mini M48 (Qiagen, Hilden, Alemania). El ADN libre de células (ADNlc) se aisló automáticamente con QIAsymphony SP (QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Kit) de Qiagen y se cuantificó con el instrumento Qubit 3.0 (Thermo Fisher Scientific, Eugene, OR, EUA). La caracterización genómica se realizó en muestras pareadas de ADN de MO y ADNlc mediante secuenciación de próxima generación (NGS) en todos los pacientes. Las bibliotecas se prepararon utilizando un panel personalizado que incluía 48 genes asociados a mieloides. Las bibliotecas se secuenciaron con una profundidad de lectura mínima de 3000× en MiSeq/NextSeq (Illumina, San Diego, CA, EUA).

Los científicos informaron que la cantidad de ADNlc total obtenida en pacientes con SMD (mediana: 58,4 ng/L) fue significativamente mayor que la obtenida de los controles sanos (mediana: 32,4 ng/mL). Se observó una correlación positiva entre la cantidad de ADNlc y los niveles séricos de lactato deshidrogenasa (DHL). El perfil mutacional del ADN en la MO y el ADNlc mostró resultados comparables: se detectaron mutaciones en el ADN en la MO y ADNlc, con una concordancia del 92,1 %.

Los 140 genes mutados con mayor frecuencia fueron TET2 (45,7 %), SF3B1 (37,1 %), ASXL1 (21,4 %), DNMT3A (20,0 %), SRSF2 141 (15,7 %), ZRSR2 (11,4 %) y U2AF1 (11,4 %). Se observó una fuerte correlación entre las frecuencias alélicas variantes (FAV) de la MO y el ADNlc. El equipo comparó las FAV de las mutaciones detectadas en el ADNlc y del ADN en la MO agrupadas por gen y observó que los FAV de las mutaciones de SF3B1 eran significativamente más altas en ADNlc que en el ADN en la MO. Se detectaron alteraciones citogenéticas/FISH en el momento del diagnóstico en 20/70 (28,6 %) pacientes con SMD. El análisis NGS detectó anomalías en 10/70 pacientes con SMD, tanto en el ADN de la médula ósea como en el ADN sin células.

Los autores concluyeron que ADNlc refleja el perfil molecular de MO en los SMD. En su cohorte, enriquecida con pacientes de menor riesgo, las alteraciones citogenéticas fueron detectables en la mayoría de los casos por NGS tanto en el ADN en la MO como en ADNlc. “Aunque se requieren más estudios con cohortes más grandes para confirmar estos resultados, especialmente para las alteraciones citogenéticas, nuestros datos respaldan que el análisis de ADNlc es un método prometedor para caracterizar y monitorear las anomalías moleculares presentes en pacientes con SMD”. El estudio fue publicado el 22 de febrero de 2022 en la revista Blood Advances.

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