Análisis más fácil, rápido, permite que más laboratorios identifiquen variantes de COVID-19

De acuerdo con un estudio nuevo, mediante una prueba disponible comercialmente y un proceso simplificado, cualquier laboratorio que pueda ejecutar un ensayo de PCR en tiempo real puede detectar variantes conocidas de SARS-CoV-2 en muestras de pacientes.

El estudio, realizado por investigadores de la rama médica de la Universidad de Texas (Galveston, TX, EUA), encontró que los ensayos de PCR en tiempo real Novaplex SARS-CoV-2 Variant I, II y IV de Seegene, Inc. (Seúl, Corea) pueden detectar de manera confiable el SARS-CoV-2 en muestras de pacientes e identificar variantes conocidas de interés y preocupación. Los resultados de los ensayos de PCR fueron comparables a los del método “estándar de oro” de secuenciación de Sanger, del gen Spike. Los investigadores también pudieron optimizar con éxito las pruebas y reducir los costos y el tiempo de respuesta mediante el procesamiento de muestras sin extraer el ARN para las pruebas.

Los ensayos I, II y IV de Seegene fueron diseñados para detectar mutaciones genéticas asociadas con las variantes alfa, beta, delta y épsilon del SARS-CoV-2. En el momento del estudio, la variante ómicron aún no había surgido. Se extrajo el ARN de cada muestra para analizarlo mediante los ensayos Novaplex RT-PCR y la secuenciación de Sanger. Las muestras también se analizaron directamente sin extracción de ARN mediante los ensayos Novaplex. De las 156 muestras procesadas con extracción de ARN, los ensayos de RT-PCR identificaron 109 variantes. Los resultados tuvieron una concordancia del 100 % con la prueba de secuenciación de Sanger. El método sin extracción de ARN fue un 91,7 % más sensible que el método tradicional de extracción de ARN. En muestras con una carga viral más baja, los ensayos de RT-PCR sin extracción no detectaron algunas mutaciones, presumiblemente debido a concentraciones más bajas de ácido nucleico en las muestras originales.

Los ensayos de RT-PCR se pueden adaptar para incluir genes representativos adicionales a medida que surgen diferentes variantes y permitir una detección y un control de variantes más accesibles para informar las decisiones de tratamiento y salud pública. Si bien no se incluyeron en este estudio, ahora hay ensayos disponibles para identificar mutaciones específicas de ómicron.

“La metodología de PCR en tiempo real (RT-PCR) para la detección de variantes es accesible, rápida, más simple y exacta en comparación con la secuenciación tradicional”, dijo el investigador principal, Ping Ren, PhD, Departamento de Patología, Rama Médica de la Universidad de Texas. “Combinar un método de procesamiento sin extracción con la tecnología RT-PCR puede ayudar a los laboratorios sin capacidades de secuenciación a rastrear las variantes circulantes e investigar los efectos dependientes de las variantes sobre la eficacia del tratamiento y la gravedad de la enfermedad”.

“La determinación de la variante del SARS-CoV-2 en muestras de pacientes individuales puede ayudar a guiar el tratamiento, ya que algunas variantes son más resistentes a los regímenes de tratamiento actuales”, observó el Dr. Ren. “Sin embargo, el impacto potencial se extiende más allá de los pacientes individuales y en el ámbito de la salud pública. Es importante realizar un seguimiento de la propagación de variantes como parte de la vigilancia de la salud pública debido a la transmisión dependiente de variantes, la gravedad de la enfermedad y las decisiones de tratamiento”.

“Un factor limitante importante para los ensayos moleculares de SARS-CoV-2 es la escasez de reactivos de extracción de ARN”, explicó la coautora principal, Marisa C. Nielsen, PhD, Departamento de Patología, Rama Médica de la Universidad de Texas. “La extracción convencional sigue siendo un aspecto que requiere mucho tiempo del diagnóstico molecular del SARS-CoV-2. La guía reciente de los CDC recomienda la secuenciación solo para casos con un valor de umbral de ciclo (Ct) inferior a 28, lo que indica una carga viral más alta, porque la secuenciación es menos confiable en muestras con cargas virales más bajas”.

“Aunque se observó una menor sensibilidad con el método sin extracción, aún representa una alternativa viable”, agregó la Dra. Nielsen. “La secuenciación de Spike sigue siendo necesaria para detectar nuevas variantes”.

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Seegene, Inc.
Rama médica de la Universidad de Texas