Sitio de acceso abierto comparte datos de genomas microbianos

Se liberaron secuencias de los genomas enteros de los microbios Escherichia coli, Staphylococcus aureus, y Rhodobacter sphaeroides en conjuntos de datos simples en una página web de acceso abierto.

Las bacterias fueron secuenciadas con exactitudes de consenso mayores a 99.95%. Cada conjunto de datos de muestras que contenían entre seis y 12 millones de lecturas alineadas, fueron generadas desde un canal de una corrida de 50 canales con el Secuenciador HeliScope Single Molecule.

El sitio de acceso abierto para compartir conjuntos de datos y herramientas de software de bioinformática es llamado el Centro de Tecnología HeliSphere. Fue lanzado por Helicos BioSciences Corporation (Cambridge, MA, EUA) durante el 58° congreso anual de la Sociedad Americana de Genética Humana. El congreso se realizó en Filadelfia (PA, EUA), entre 13 al 15 de noviembre de 2008.

Los datos de varios proyectos de secuenciación que se encuentran en desarrollo serán colocados en la página Web del Centro de Tecnología HeliSphere de manera regular. En adición a los conjuntos de datos Helicos, la nueva página Web también es una puerta de entrada para el proyecto de fuente abierta de Helicos, el cual incluye un código de fuente descargable y una documentación de software.

"El sitio de acceso abierto beneficia a los clientes y desarrolladores de software y a una comunidad científica más amplia haciendo no solamente conjuntos de datos, sino facilitando también el acceso a códigos fuente y herramientas de soporte”, comentó el director ejecutivo de Helicos, Steve Lombardi.

Helicos BioSciences es una compañía de ciencias biológicas dedicada a las tecnologías de análisis genéticos para los mercados de diagnóstico, investigación y descubrimiento de drogas. La tecnología propietaria True Single Molecule Sequencing (tSMS) de Helicos permite la medición directa de miles de millones de hebras de ADN, facilitando que los científicos realicen experimentos y hagan preguntas que anteriormente no eran posibles.

Enlaces relacionados:
HeliSphere Technology Center
Helicos BioSciences Corporation