Una variante genética sin sentido se asocia con la enfermedad de Crohn

Las interacciones gen-microbioma son importantes en la etiología y patogénesis de la enfermedad inflamatoria intestinal, un trastorno inflamatorio crónico del tracto gastrointestinal que consiste en la enfermedad de Crohn y la colitis ulcerativa. Esta última condición causa inflamación de larga duración y llagas (úlceras) en el revestimiento interno del intestino grueso (colon) y el recto.

La enfermedad intestinal inflamatoria (EII) es un trastorno crónico frecuente del tracto gastrointestinal. Los pacientes con esta enfermedad experimentan períodos de inflamación alternados por períodos de remisión. Los subgrupos más comunes de EII son la enfermedad de Crohn (EC), la colitis ulcerosa (CU) y la enfermedad inflamatoria intestinal indeterminada (EIII). La inflamación causada por la enfermedad de Crohn a menudo se extiende profundamente en las capas del tejido intestinal afectado.


Científicos de la Universidad de Groningen (Groningen, Países Bajos) y sus colegas, recolectaron muestras de heces, sangre periférica y datos extensos de fenotipos de 291 pacientes con enfermedad inflamatoria intestinal que comprendían 171 pacientes con EC, 104 pacientes con CU y 16 Pacientes con EIII, además de 476 controles sanos. Para cada participante, hubo disponibilidad de muestras de sangre periférica almacenadas en tubos con EDTA.

La extracción de ADN se realizó utilizando el Autopure LS con química Puregene (Qiagen NV, Venlo, Países Bajos). La preparación de la muestra utilizó el kit de preparación Illumina Nextera (Illumina, San Diego, CA, EUA) y el enriquecimiento de las secuencias exónicas se realizó mediante captura híbrida con el Illumina rapid Capture Enrichment (objetivo de 37 mb). La composición microbiana intestinal de las muestras de heces se determinó mediante la secuenciación de etiquetas del gen 16S rARN. El ADN fecal se aisló haciendo alícuotas y para el aislamiento del ADN microbiano se utilizó el Mini Kit Qiagen AllPrep ADN/ARN. Se realizó una secuenciación Illumina MiSeq de extremo pareado de la región V4 del gen 16S rARN. Se infirió la asociación entre el alelo de riesgo SLC39A8 [Thr] 391 y la composición microbiana intestinal en pacientes con enfermedad inflamatoria intestinal y en los controles sanos.

El equipo informó que los pacientes con enfermedad de Crohn eran más a menudo portadores de la variante sin sentido (21/171, 12,3%) que los controles (30/476, 6,3%) (OR = 2,1). No pudieron identificar asociaciones entre el estado del portador y la composición general del microbioma intestinal y la riqueza microbiana en todos los grupos evaluados después de corregir para los posibles factores de confusión. Identificaron 37 unidades taxonómicas operativas diferentes que se asocian con el estado de portador entre los grupos evaluados. Dos de estos 37 fueron identificados antes en el estudio de descubrimiento.

Los autores concluyeron que en futuros estudios de genes y microbiomas se necesitan tamaños de muestras mucho más grandes, análisis estadísticos más estrictos, especialmente con respecto a los recuentos medios de unidades taxonómicas operativas (UTO) y la corrección de factores de confusión, la replicación en cohortes independientes y descripciones detalladas de los métodos con el fin de identificar asociaciones genoma-microbioma tanto en EII como en la EC. Pudieron identificar la variante genética que se asocia con la enfermedad de Crohn, aunque el impacto en la composición del microbioma se limitó a unas pocas UTO. El estudio fue publicado el 31 de enero de 2019 en la revista PLOS ONE.

Enlace relacionado:
Universidad de Groningen
Qiagen
Illumina