Nuevo flujo de trabajo de biopsia líquida maximiza señales tumorales en muestras de sangre limitadas

La biopsia líquida busca detectar señales derivadas de tumores a partir de pequeñas muestras de sangre, pero el ADN libre de células circulante es escaso y heterogéneo, lo que limita la sensibilidad. La combinación de señales complementarias, como la metilación, la fragmentómica y las mutaciones, puede mejorar la clasificación y reducir los umbrales de detección, en particular para la detección temprana del cáncer y la enfermedad mínima residual. Los investigadores también necesitan flujos de trabajo optimizados que preserven las muestras limitadas en lugar de dividirlas entre ensayos separados. Un nuevo sistema ahora integra información genética, epigenética y fragmentómica de las mismas moléculas de ADN para maximizar la recuperación de la señal a partir de extracciones de sangre de bajo volumen.

biomodal (Cambridge, Reino Unido) ha presentado la familia duet mosaic, compuesta por duet +modC mosaic y duet 6-base mosaic, dos flujos de trabajo de secuenciación multiómica optimizados para ADN libre de células circulante (ADNlc) para biopsia líquida e investigación traslacional. Ambos utilizan un proceso único, listo para la automatización, para capturar información genética, epigenética y fragmentómica de la misma muestra limitada, lo que permite a los investigadores combinar señales complementarias sin dividir el material entre ensayos separados. Los flujos de trabajo están diseñados para ayudar a los investigadores y a los desarrolladores de ensayos a maximizar la recuperación de información a partir de pequeños volúmenes de sangre.

La tecnología utiliza ligación de cadena sencilla para capturar múltiples modalidades biológicas de moléculas individuales de ADNlc. La química basada en horquillas y el software asociado de resolución de lecturas reconstruyen la secuencia original de ADN al tiempo que determinan su estado epigenético. El sistema detecta variantes genéticas, incluidas las sustituciones C>T, que pueden ser difíciles de llamar con confianza con los métodos de metilación basados en conversión tradicionales, y además mide la metilación del ADN y distingue la 5-metilcitosina (5mC) de la 5-hidroximetilcitosina (5hmC). Las características fragmentómicas, incluido el tamaño de los fragmentos, los motivos de los extremos y el posicionamiento de los nucleosomas, se conservan durante la preparación de la biblioteca y se analizan junto con estas señales genéticas y epigenéticas.

Cada kit incluye el flujo de trabajo de software duet y modality XPLR para llevar a los usuarios desde las lecturas sin procesar hasta datos multiómicos resueltos. Los flujos de trabajo se ejecutan en una estación de trabajo, un clúster de computación de alto rendimiento o la nube, generan salidas de archivo estándar de la comunidad y evitan la dependencia de una plataforma de análisis. duet +modC mosaic y duet 6-base mosaic ya están disponibles para uso en investigación en formatos de 8, 24 y 96 reacciones y son compatibles con plataformas estándar de secuenciación de lectura corta.

Los datos presentados en la Asociación Europea para la Investigación del Cáncer (EACR) indican que combinar señales independientes mejora la clasificación al tiempo que reduce los límites de detección. Entre las aplicaciones destacadas figuran la detección temprana del cáncer, la enfermedad mínima residual y el descubrimiento de biomarcadores.

“A los investigadores y desarrolladores se les pide encontrar una señal ínfima en una muestra preciosa y limitada, y hacerlo con un rendimiento en el que puedan confiar. duet mosaic está diseñado exactamente para ese reto. En lugar de obligar a elegir entre genética, metilación o fragmentómica, ofrecemos todas estas señales a partir de la misma molécula, en un flujo de trabajo optimizado y listo para la automatización, con flexibilidad de software para adaptarse a la forma en que los equipos ya trabajan”, afirmó Robert Osbourne, vicepresidente sénior de Investigación y Desarrollo de biomodal.

“Nuestro trabajo en curso sobre la detección temprana del cáncer de páncreas muestra la necesidad de integrar múltiples marcadores tumorales diferentes para lograr una alta sensibilidad, pero eso a veces requiere dividir una muestra en varios ensayos. Estamos investigando el nuevo kit 6-base mosaic de biomodal para ver si combinar la fragmentómica con 5mC y 5hmC mejora nuestra capacidad para detectar el cáncer de páncreas a partir de muestras de volumen limitado”, dijo el Dr. Muhammed Murtaza, director del Centro de Medicina de Precisión de la Universidad de Wisconsin-Madison.

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