Firma genética predice respuesta de pacientes a terapia de cáncer gástrico

Se desarrolló una firma de 32 genes y se demostró que es un biomarcador pronóstico y predictivo prometedor para guiar la atención clínica de los pacientes con cáncer gástrico.

A nivel mundial, el cáncer de estómago es el quinto tipo de cáncer y la tercera causa de muerte por cáncer, representando el 7 % de los casos y el 9 % de las muertes. Los resultados suelen ser adversos, con una tasa de supervivencia a cinco años inferior al 10 % en el mundo occidental para los casos avanzados. Esto se debe en gran parte a que la mayoría de las personas con la afección presentan una enfermedad avanzada. Por otro lado, si el cáncer de estómago se trata a tiempo, se puede curar. Los tratamientos pueden incluir alguna combinación de cirugía, quimioterapia, radioterapia y terapia dirigida. Para ciertos subtipos de cáncer gástrico, la inmunoterapia contra el cáncer también es una opción.

Faltan biomarcadores que predigan de forma fiable la respuesta de los pacientes con cáncer gástrico a la quimioterapia y la inhibición del punto de control inmunitario. Por esta razón, los investigadores de la Clínica Mayo (Jacksonville, FL, EUA) desarrollaron e implementaron un algoritmo de aprendizaje automático (NTriPath) que integró datos genéticos de más de 5.000 pacientes. NtriPath (factorización de matriz TRI no negativa regularizada en red para la identificación de PATHway) es un método para integrar mutaciones somáticas con conocimientos biológicos previos (p. ej., redes de interacción proteína-proteína, base de datos de rutas) para detectar vías alteradas específicas del tipo de cáncer por mutaciones somáticas en todos los tipos de cáncer .

Los datos generados por NtriPath permitieron el desarrollo de una firma molecular que consta de 32 genes que podrían usarse para guiar las decisiones de atención al paciente. Mediante la agrupación no supervisada de los niveles de expresión de estos 32 genes en tumores de 567 pacientes, los investigadores identificaron cuatro subtipos moleculares que eran pronósticos de supervivencia. Luego, construyeron una máquina de vectores de soporte con kernel lineal para generar una puntuación de riesgo que era un pronóstico para la supervivencia general de cinco años y validaron la puntuación de riesgo utilizando tres conjuntos de datos independientes. También encontraron que los subtipos moleculares predijeron la respuesta a la terapia adyuvante con 5-fluorouracilo y platino después de la gastrectomía y a los inhibidores del punto de control inmunitario en pacientes con enfermedad metastásica o recurrente.

"El cáncer gástrico se encuentra entre las principales causas de muerte relacionada con el cáncer en todo el mundo", dijo el autor principal, el Dr. Tae Hyun Hwang, presidente de cáncer del Departamento de Salud de Florida en el Centro Oncológico de la Clínica Mayo. "Buscamos utilizar la secuenciación genómica para construir un modelo que prediga la probabilidad de que un paciente se beneficie de la quimioterapia o la inmunoterapia".

"Nos complació que nuestra firma de 32 genes proporcionara no solo información pronóstica, sino también un beneficio previsto para el paciente con la quimioterapia y la inmunoterapia", dijo el Dr. Hwang. "En particular, nos sorprendió que la firma de 32 genes que identificamos pudiera predecir la respuesta de un paciente a la inmunoterapia porque identificar biomarcadores confiables para la respuesta a la inmunoterapia en pacientes con cáncer gástrico ha sido un desafío para el campo".

El estudio se publicó en la edición en línea del 9 de febrero de 2022 de la revista Nature Communications.

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Clínica Mayo