Análisis de los tumores metastásicos conduce a objetivos de tratamiento potenciales

El cáncer metastásico es una causa importante de muerte y se asocia con una mala eficacia del tratamiento. Se requiere una comprensión mejor de las características del cáncer en etapa tardía para ayudar a adaptar los tratamientos personalizados, reducir los tratamientos exagerados y mejorar los resultados.

En los últimos años, varios esfuerzos de análisis de secuenciación de genoma completo (WGS) a gran escala, han arrojado conocimientos valiosos sobre la diversidad de los procesos moleculares que impulsan los diferentes tipos de cáncer de adultos y pediátricos, y han alimentado las promesas de poder ofrecer atención oncológica basada en el genoma.


Un gran equipo de científicos liderados por la Fundación Médica Hartwig (Ámsterdam, Países Bajos) incluyó en un estudio a pacientes con cáncer avanzado que no eran curables por las opciones locales de tratamiento, que eran candidatos para cualquier tipo de tratamiento sistémico y que habían recibido cualquier línea de tratamiento como parte de dos estudios clínicos. Se tomaron muestras de las biopsias con aguja gruesa de la lesión metastásica, o cuando se consideró no factible o no seguro, del sitio del tumor primario y se congelaron en nitrógeno líquido. Un patólogo experimentado recolectó una sola sección de 6 μm para la tinción de hematoxilina y eosina (H-E) y la estimación de la celularidad del tumor y se recogieron 25 cortes de 20 μm en un tubo para aislar el ADN.

Los investigadores aislaron el ADN de biopsias (> 30% de celularidad tumoral y de sangre) usando el kit DSP DNA Midi para sangre y el Mini kit QIAsymphony DSP DNA para tejidos (Qiagen, Hilden, Alemania). Se utilizó un total de 50-200 ng de ADN (cortado a una longitud de fragmento promedio de 450nt) como entrada para la preparación de la biblioteca TruSeq Nano LT (Illumina, San Diego, CA, EUA). Las bibliotecas con código de barras se secuenciaron como agrupaciones en el Illumina HiSeqX generando 2 × 150 pares de lectura utilizando configuraciones estándar. Se realizaron varios otros métodos para dilucidar el estudio.

Los científicos secuenciaron los genomas de 2.520 muestras tumorales y lo compararon con el tejido normal de 2.399 individuos con cáncer metastásico . Al examinar más de 70 millones de cambios somáticos en los tumores, incluidas mutaciones puntuales, pequeñas inserciones y deleciones, cambios en el número de copias y otras características, pudieron diferenciar entre las mutaciones presentes en las primeras etapas de la enfermedad y las que surgieron durante el tratamiento. Las secuencias descubrieron diferencias de mutación somática de un tipo de cáncer al siguiente, por ejemplo, incluyendo un gran número de mutaciones puntuales en tumores derivados de cáncer de pulmón o melanoma. También destacaron los cambios del gen conductor y los genes mutados recurrentemente que parecen ser importantes en el entorno del cáncer metastásico.

En más de la mitad de las metástasis, por ejemplo, el equipo descubrió eventos de duplicación del genoma completo, con hasta el 80% de los tumores esofágicos mostrando estas duplicaciones. Mientras tanto, alrededor del 62% de los pacientes tenían alteraciones que fueron marcadas como clínicamente accionables; ya sea usando tratamientos aprobados o drogas experimentales. Las alteraciones identificadas en el 18% de los pacientes condujeron a estrategias de tratamiento en la etiqueta, informó el equipo, mientras que aproximadamente el 13% tenía mutaciones que podrían ser susceptibles de tratamiento sin tener en cuenta la etiqueta. Otro 31% de los casos involucró alteraciones tumorales que coincidieron con la elegibilidad para ensayos clínicos específicos.

Los autores concluyeron que sus resultados demostraron que el análisis de secuenciación del genoma completo del cáncer metastásico puede proporcionar ideas novedosas y relevantes, y son fundamentales para abordar algunos de los desafíos clave en la medicina de precisión en el cáncer y que el conjunto de muestras analizado para el estudio actual proporciona un recurso complementario valioso para datos basados en la secuencia del genoma completo de los tumores primarios. El estudio fue publicado el 23 de octubre de 2019 en la revista Nature.

Enlace relacionado:
Fundación Médica Hartwig
Qiagen
Illumina