Prueba rápida para COVID-19 identifica variantes del SARS-CoV-2 en horas

Actualmente existen varias pruebas de COVID-19, aunque generalmente detectan un fragmento de material genético del SARS-CoV-2 o pequeñas moléculas que se encuentran en la superficie del virus, y no brindan información para identificar la variante. Además, a muchos investigadores les preocupa que estas pruebas no sean exactas para detectar algunas variantes, o que puedan pasar por alto cepas futuras. Para determinar la variante de COVID-19 que infecta un paciente, los científicos generalmente deben usar la secuenciación del genoma completo, que requiere mucho tiempo y es costosa y se basa en equipos y análisis sofisticados para deletrear la secuencia completa de ARN contenida en los virus. Ahora, los científicos pueden determinar qué variante ha infectado a un paciente con COVID-19 en solo unas pocas horas, una tarea crítica que puede influir potencialmente en las decisiones de tratamiento, pero que lleva días o semanas en la mayoría de los centros médicos.

El año pasado, un equipo de patólogos del Centro Médico Southwestern de la Universidad de Texas (UTSW, Dallas, TX, EUA), desarrolló CoVarScan, una prueba rápida de COVID-19 que detecta las firmas de ocho puntos críticos en el virus SARS-CoV-2. Ahora, después de probar CoVarScan en más de 4.000 muestras de pacientes, el equipo informó que la prueba es tan exacta como otros métodos utilizados para diagnosticar la COVID-19 y puede diferenciar con éxito entre todas las variantes actuales de SARS-CoV-2. Los resultados de las pruebas han ayudado a los líderes de salud pública a rastrear la propagación de COVID-19 en el norte de Texas y a tomar decisiones políticas basadas en la prevalencia de variantes. Los médicos también han utilizado los resultados para elegir anticuerpos monoclonales que son más efectivos contra ciertas cepas que infectan a pacientes críticos con COVID-19.

Imagen: Antes, determinar la cepa de cada paciente requería una secuenciación extensa del genoma completo (Fotografía cortesía de UTSW)

CoVarScan se concentra en ocho regiones del SARS-CoV-2 que comúnmente difieren entre las variantes virales. Detecta pequeñas mutaciones, donde varía la secuencia de los componentes básicos del ARN, y mide la longitud de las regiones genéticas repetitivas que tienden a crecer y reducirse a medida que evoluciona el virus. El método se basa en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), una técnica común en la mayoría de los laboratorios de patología, para copiar y medir el ARN en estos ocho sitios de interés. Para probar qué tan bien funciona CoVarScan, el equipo realizó la prueba en más de 4.000 muestras de hisopos nasales positivos para COVID-19 de pacientes con y sin síntomas. Las pruebas se validaron con la secuenciación del genoma completo, que es la prueba estándar de oro, y los médicos utilizaron los resultados para elegir tratamientos en algunos pacientes críticos con COVID-19.

En comparación con la secuenciación del genoma completo, CoVarScan tuvo una sensibilidad del 96% y una especificidad del 99%. Identificó y diferenció las variantes delta, mu, lambda y ómicron de la COVID-19, incluida la versión BA.2 de ómicron, alguna vez conocida como “ómicron sigilosa” porque no apareció en algunas pruebas diseñadas para detectar solo la cepa ómicron. El equipo planea continuar desarrollando CoVarScan como prueba comercial y tiene una solicitud de patente pendiente basada en este trabajo.

“Al usar esta prueba, podemos determinar muy rápidamente qué variantes hay en la comunidad y si una nueva variante está surgiendo”, dijo el patólogo Jeffrey SoRelle, M.D., profesor asistente de patología y autor principal del estudio, quien desarrolló la prueba. “También tiene implicaciones para pacientes individuales cuando tratamos con variantes que responden de manera diferente a los tratamientos”.

“Una crítica común a este tipo de prueba es que requiere un ajuste constante para las nuevas variantes, pero CoVarScan no ha necesitado ningún ajuste en más de un año; todavía funciona muy bien”, agregó el Dr. SoRelle. “En el futuro, si tuviéramos que ajustarlo, podríamos agregar fácilmente hasta 20 o 30 puntos de acceso adicionales a la prueba”.

Enlaces relacionados:
UTSW